Принцип действия квалифицированной и неквалифицированной электронной подписи идентичен. Они определяют авторство электронного документа и факт внесения в него изменений после подписания.

Любое подписание документов усиленной квалифицированной электронной подписью выполняется программой криптошифрования и снабжается двумя ключами — открытым и закрытым. Отличие квалифицированной подписи от неквалифицированной заключается в том, что сертификат ключа проверки квалифицированной ЭП выдается только аккредитованным удостоверяющим центром, а для его создания используются программные средства, соответствующие требованиям 63-ФЗ «Об электронной подписи» и одобренные информационными службами ФСБ. Усиленная квалифицированная электронная подпись — наиболее защищенный вид электронной подписи.